L'abbaye de Marquette a été fondée au XIIIe siècle par la comtesse Jeanne de Flandre. Elle fut partiellement détruite lors d'un incendie en 1793 et arasée aux profit d'entrepreneurs qui en pillèrent les matériaux de constructions. Elle a fait l'objet d'une étude documentaire publiée par B. Chauvin en 2002, suivie de deux séries de sondages archéologiques (2003 et 2004) dans la perspective d'une fouille programmée. Trois campagnes de fouilles programmées ont depuis été réalisées au cours des étés 2005, 2006 et 2007.
Ces trois années ont été pour l'essentiel consacrées à la fouille des parties économiques de l'abbaye. Explorées sur environ 2000 m2, elles sont situées au nord du carré des moniales. En 2007, outre la poursuite de l'exploration des parties économiques, une petite fenêtre de 210 m2 a été ouverte dans l'abbatiale à l'emplacement du choeur des moniales, lieu de sépulture de la comtesse Jeanne de Flandre. Ces trois années de fouille ont permis de modifier notre vision de l'abbaye, notamment d'en savoir davantage sur son organisation.
Dans les parties économiques, cinq phases ont pu être distinguées. Les deux premières remontent aux premiers temps de l'abbaye, elles couvrent une période allant du XIIIe au XVe siècle. Durant cette période, les bâtiments agricoles (grange dimière, vacherie…) bordent une cour mais selon des orientations divergentes. Le matériau de construction principal usité est le calcaire. Durant le XVIe siècle, l'ensemble des bâtiments médiévaux découverts
est démantelé. Ils cèdent la place à de nouveaux bâtiments aux fonctions similaires mais organisés de manière plus rationnelle. Ces bâtiments, édifiées du XVIe et XVIIIe siècle sont désormais organisés en ailes. Le matériau de construction employé pour l'élévation est la brique.
Un bâtiment faisant la jonction entre ces parties économiques et le carré des moniales a également été exhumé. Il est disposé perpendiculairement au réfectoire situé dans l'aile nord du carré des moniales. Sa destination était inconnue au démarrage des fouilles. Les structures découvertes en son sein (cheminée médiévale, four, cendrier...) permettent d'affirmer qu'il s'agit des cuisines qui ont perduré à cet emplacement de l'origine de l'abbaye à sa destruction. Cette localisation des cuisines ne correspond pas au plan type des abbayes cisterciennes mais répond à une logique fonctionnelle. Elles se situent en effet, entre la ferme où sont produits et stockés les aliments et le réfectoire où ils sont consommés.
La petite fenêtre ouverte sur l'abbatiale, bien que modeste, a apporté de nombreux éléments de réponses sur les dimensions, la chronologie de l'édification de l'abbatiale et sa destination.
On possède désormais quelques bribes d'informations sur son élévation comme la physionomie des supports ou l'utilisation de la brique dès le XIIIe siècle dans le Nord, relançant ainsi le débat sur l'importance du rôle des cisterciens concernant la diffusion de ce matériau dans nos régions.
De plus, une meilleure connaissance des substructions de l'église et de sa chronologie a permis de déterminer que, outre sa fonction de lieu de culte des moniales, cette abbatiale a certainement eu pour objet de servir de nécropole familiale aux comtes de Flandre. C'est ce qui explique au centre du choeur des moniales l'aménagement d'un alignement de caveaux observé sur au moins 10 m et dans lesquels seule une sépulture a été découverte à ce jour (probablement celle de Ferrand du Portugal). Le caveau situé sous le gisant de la comtesse Jeanne de Flandre a été fouillé, le corps de la défunte ne s'y trouvait pas. Les nouveaux éléments apportés par la fouille permettent non seulement d'expliquer cette absence (plusieurs éléments prouvent que le gisant a été déplacé) mais de prévoir au mètre près son emplacement probable.